Affymetrix GeneChip 薀蓄
木曜日, 2 月 5th, 2009ググれば他でも出てくるような話ですが、一応書いておきます。
[とりあえずRMAでノーマライズ]
setwd()なりメニューなりから、CELファイル(gz圧縮可)のあるディレクトリに移動して、
> e <- [...]
GeneChip ノーマライズ手法開発用のベンチマークデータ
月曜日, 1 月 26th, 2009その昔、自分でノーマライズ手法を開発できないものかと思って調べたときに見つけたもの(すぐに頓挫しましたが)。Robust multi-array average (RMA)で有名なRafael A. Irizarryの [...]
Gene Expression OmnibusからCELファイル付きのデータを探す
木曜日, 1 月 8th, 2009AffymetrixのGeneChipでは、通称CELファイルと呼ばれる形式が、一般に流通する生データとなっています(本当の生データはスキャンイメージであるDATファイルですが)。パブリックなマイクロアレイ・データを掻 [...]
Affymetrix GeneChipのアノテーションファイルをRでいじる
金曜日, 12 月 5th, 2008アノテーションファイルは、マイクロアレイの各プローブセットにどんな遺伝子が対応しているか、また各遺伝子がどのような機能を持っているかをまとめたものです。GeneChipをはじめとするマイクロアレイでは、マイクロアレイデ [...]
Affymetrix GeneChipのアノテーション更新 (na27)
木曜日, 12 月 4th, 2008おととい辺りに気づいたのですが、11月末にAffymetrix GeneChipのアノテーションが更新されてました。年4回の更新なので、今年最後のアップデートです。近いうちに、純正アノテーションデータをRでいじくる方法 [...]