R
« Previous Entries Next Entries »Rでfalse discovery rate (FDR)を計算する
火曜日, 1 月 27th, 2009マイクロアレイ解析で多重比較の補正を行いたいとき、定番はFDRでしょう。Rでは、
> p <- runif(100, 0, 0.3) # p値もどき
> p.adjust(p, "fdr& [...]
RによるPIC24HJ12GP202専用ICSPソフト: コンフィグワードのサポート
水曜日, 1 月 14th, 2009hexファイルからコンフィグワードを読み取り、PICに書き込めるようにしました。現在、公開に向けて準備中です。
試しに、
_FOSCSEL(FNOSC_FRCPLL)
という一行をCソースに入れてMPLAB C30でコ [...]
RによるPIC24HJ12GP202専用ICSPソフト 更新
月曜日, 1 月 12th, 2009この辺(1、2)に書いたICSPのソフトですが、若干更新しました。
D4 (DTR、FT232RLの2番ピン)をPICのMCLRに繋いでいたが、D3 (CTS、FT232RLの11番ピン)に繋ぎ換え、3.3Vに [...]
ニュース記事で初めてRを見かけた
土曜日, 1 月 10th, 2009「R言語」、企業や研究機関での利用が急拡大、テクノバーンより。
5-6年前に使い始めたころよりは、確かに裾野は広がりつつあるように感じています。特に急拡大しているわけではなく、徐々にSPSSやSAS等の牙城に迫りつつあ [...]
Gene Expression OmnibusからCELファイル付きのデータを探す
木曜日, 1 月 8th, 2009AffymetrixのGeneChipでは、通称CELファイルと呼ばれる形式が、一般に流通する生データとなっています(本当の生データはスキャンイメージであるDATファイルですが)。パブリックなマイクロアレイ・データを掻 [...]
ヨンクヒール・タプストラ検定 (Jonckheere-Terpstra trend test)
水曜日, 12 月 31st, 2008今回は統計的検定の話です。使い勝手が良いのにイマイチ普及していない統計的検定のひとつに、ヨンクヒール・タプストラの検定(以下JT検定)があります。
例えば、多群間での量的データの比較を行いたい場合、ノンパラメトリックで [...]