マイクロアレイ
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木曜日, 2 月 5th, 2009ググれば他でも出てくるような話ですが、一応書いておきます。
[とりあえずRMAでノーマライズ]
setwd()なりメニューなりから、CELファイル(gz圧縮可)のあるディレクトリに移動して、
> e <- [...]
ヒトBACクローンIDのゲノムマッピング
土曜日, 1 月 31st, 2009とある事情で、結構な数のヒトBACクローンIDをNCBI Build 36.3にマッピングしなければならなくなったのですが、NCBI Map Viewer用に作成されたデータが使えそうです。
ftp://ftp. [...]
Rでfalse discovery rate (FDR)を計算する
火曜日, 1 月 27th, 2009マイクロアレイ解析で多重比較の補正を行いたいとき、定番はFDRでしょう。Rでは、
> p <- runif(100, 0, 0.3) # p値もどき
> p.adjust(p, "fdr& [...]
GeneChip ノーマライズ手法開発用のベンチマークデータ
月曜日, 1 月 26th, 2009その昔、自分でノーマライズ手法を開発できないものかと思って調べたときに見つけたもの(すぐに頓挫しましたが)。Robust multi-array average (RMA)で有名なRafael A. Irizarryの [...]
ローカル環境にGene Ontologyデータベースを構築
月曜日, 1 月 26th, 2009仕事でMySQL上にGene Ontologyのデータベースを再構築する必要があったので、そのときの作業メモです。
1. データのダウンロード
http://archive.geneontology.org/late [...]
Gene Expression OmnibusからCELファイル付きのデータを探す
木曜日, 1 月 8th, 2009AffymetrixのGeneChipでは、通称CELファイルと呼ばれる形式が、一般に流通する生データとなっています(本当の生データはスキャンイメージであるDATファイルですが)。パブリックなマイクロアレイ・データを掻 [...]
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